有一天，冲绳附近的海域出现了(le )一种奇(qí )怪的生(shēng )物。 “它”的外形类似于棘(jí )冠海(hǎi )星，它的毒液会伤害渔民，并迅速蔓延到整个日本。这是怪物达嘎拉 (Dagahra) 复活的预兆，达嘎拉是由传说中(zhōng )的古代文明 Nirai Kanai 创造的，作为解决环境污染(rǎn )的生物净化系统，但它失去了控制，最终导致了 Nirai Kanai 的灭亡。埃利亚斯姐妹察觉到地球危机，飞到石垣岛，那里出现了一只名叫 Gogo 的小生物，它来自 Nirai Kanai。大陆的盗猎者从 Gogo 尾巴上的装饰环得知那里有(yǒu )宝藏，一些(xiē )当地女孩收养了 Gogo。艾利亚斯姐妹知道“尼莱卡奈遗迹中藏有可以打败达加拉的宝藏”的传说。少女们、艾利亚斯姐妹以及与姐妹们发生冲突的偷猎者兼黑仙女贝尔(ěr )贝拉结(jié )成团队出海。在Gogo的引(yǐn )导下，Nirai Kanai的金字塔遗址从海中浮现出来。然而，当她们寻(xún )找宝藏时，达嘎拉降临石垣岛并开始肆虐，于是伊莱亚斯姐妹召唤了摩斯拉与(yǔ )他战斗(dòu )。达嘎拉与魔斯拉在从石垣岛到西表岛的空中展开了战斗，之后又在金字塔遗址附近展开了海底战斗，魔斯拉被擅(shàn )长海战的达嘎拉(lā )拖入海中。然后，达嘎拉将“它”——无数的贝伦——附着在(zài )魔斯拉身上，使她无法战斗。埃利亚斯拼命想要除掉附着(zhe )在魔斯拉身上的(de )贝伦，但是贝伦数量实在太多，根本无法除掉。摩斯拉陷入绝境，寻找宝藏已(yǐ )成当务之急。逃离遗迹中的陷阱后，少女们和偷猎者到达了一(yī )个大厅，那里有一幅 Nirai Kanai 公主的三维图像，告诉她们 Gogo 已经选择了少女 Shiori 作为宝藏的主人。然而，达嘎拉攻击了金字塔！金字塔(tǎ )倒塌后，魔斯拉能(néng )够利(lì )用戈戈的“生命之水(shuǐ )”的力量去除附(fù )身于(yú )她的贝伦，她变成了彩虹魔斯拉，力量更加强大(dà )，并再次与达(dá )嘎拉战斗(dòu )。形势已经和之前完全不同了，现在是摩斯拉占了上风。当达嘎拉再次潜入海中时，魔斯拉化身(shēn )为水之魔斯拉，战斗转移到了海底。魔斯拉用屏障(zhàng )抵挡达加拉的攻击，并(bìng )对达加拉发动强大的攻击。随后他化作分身形态，从达加拉体内发起攻击，一路击败了贝伦，最终导致达加拉坠落，并与金字塔一起消失(shī )。魔斯拉脱离海面之后，变回了原来的样子——彩虹魔斯拉，回到了婴儿岛，危机结束。