突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元(yuán )渡叫到第3新东京市。本以为能见到父(fù )亲迎接的他，却见到名为(wéi )“ 使徒”的巨大生物与军(jun1 )队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成(chéng )美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真(zhēn )嗣的，却是是父亲冷酷地命令(lìng )：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本(běn )已表示拒绝(jué )的真嗣，看到重伤的替(tì )补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就(jiù )这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。