故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警(jǐng )方监(jiān )控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施(shī )正式启动之前，为了(le )与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世(shì )界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中……                                                                    另一方(fāng )面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自(zì )冲矢(shǐ )昂（赤井秀一(yī )）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭(zāo )到琴酒的杀害。为调查真相，柯南(nán )偷偷混(hún )进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内(nèi )，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装(zhuāng )有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。                                                                    海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……