強納森是一名棄嬰，剛出生就被放置在孤兒院前，幸好一名船長認養了他，並供給他唸寄宿學校。只是聰明但又調皮的強納森連續被五個學校退學，養父最後幫他找到一所「聖湯瑪士合唱寄宿學校」。強納森在機場見一隻狗被主人遺棄(qì )，便將牠帶往學校，但因學校(xiào )禁止養狗，在室友的建議下將小狗養在他們(men )的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒想到此時來了一名自稱(chēng )是巴布的(de )人，謂此處是他的產業。眾人無(wú )奈離(lí )去，但巴(bā )布似乎認得學校教音樂的波(bō )克老師，遂答應(yīng )照顧小狗，而且也歡迎眾人到「秘密基(jī )地」玩。