拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的(de )父亲(qīn )兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明(míng )，而(ér )母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大(dà )小的光粒子，红外线、紫外线等等(děng )（但在外太空这一特殊生理(lǐ )受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活(huó )，现正在Generation Blue（蓝色(sè )世代）中。　　女主角的名字(zì )将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜(nà )露因为童年时的事故而使拥(yōng )有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的(de )灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够(gòu )听懂珊瑚岩心声的特异功能，这(zhè )是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程(chéng )度上来说(shuō )她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小(xiǎo )身体虚弱(ruò )，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某(mǒu )一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护(hù )磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相(xiàng )遇，并与G-Monster战斗的(de )故事就此展开。