14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世(shì )界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃(nǎi ) 配音）等NERV旧部出走，成(chéng )立了反抗(kàng )seele和NERV的Wille。Wille授(shòu )命明日香（宫村优子 配音）和(hé )真里（坂本真绫 配音）夺回被封印(yìn )在卫(wèi )星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受(shòu )到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然(rán )入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总(zǒng )部。在这里，他意外重逢朝(cháo )思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机(jī )。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开(kāi )了种种难以置信的真相……　　本片为EVA新剧场(chǎng )版四部曲的第三部。