这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集，影片承接第(dì )一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔，当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇(yíng )之子马丁·布朗多（艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰），由巴托工业的老总巴托先生（约翰·盖兹 John Getz饰）抚养。巴托先生密切监视着马丁的一(yī )举一动，表面上把马丁视如己出，实则却把他当作(zuò )研究对象，暗地里用摄像机(jī )记录下(xià )他所有的生活过程，让马丁研究他父(fù )亲生前的时空传送装置。马丁(dīng )看上去英俊帅气，无异于常人(rén )，除了的惊人的生长(zhǎng )速度和超人的天资才能。不久，马丁就与美丽(lì )的贝斯·洛根（达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰）坠入爱河。可隐藏在马丁体内(nèi )的变异染色体(tǐ )突然苏醒，等待马丁的是变成下一个“苍蝇人(rén )”的恐怖噩耗。