《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情(qíng )为主，但因为中途漫画故事情节(jiē )进度跟不上(shàng )，故加插大量漫画没有的(de )剧情和人物。此(cǐ )举为脱离“原作”独(dú )立创(chuàng )作故事奠定下基础。　　决斗者王国篇　　一卷神(shén )秘的录(lù )像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像(xiàng )带中(zhōng )使用黑暗决斗向武藤游戏(xì )挑战，但武藤游戏却(què )因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者(zhě )王国(guó )找贝(bèi )卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。　　战斗城市前篇　　决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石(shí )板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之(zhī )卡，还(hái )有隐藏在千年积木中的无名法(fǎ )老王的记忆，海马濑人(rén )在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二(èr )张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘(pán )也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无名法(fǎ )老王的记忆，必(bì )须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷(fēn )展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参杂其(qí )中。　　乃亚篇（动画原创(chuàng )）　　战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行(háng )船系统却遭受到外来(lái )的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究(jiū )竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨(jù )头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命(mìng )的决(jué )斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚的小(xiǎo )孩，却是刚三郎（海马的养(yǎng )父）的儿子！！一场大战即将展开。　　战斗城市后篇　　战斗城(chéng )市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之(zhī )内为了成为真正(zhèng )的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁斯首脑并得到太阳神、为了完(wán )成海马(mǎ )乐园的梦想，游戏为了实现与城(chéng )之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗(yí )失的记忆，他(tā )向马利克宣战。　　多玛篇(piān )（动画原创）　　战斗城市结束后(hòu )，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的(de )卡片——“奥利哈(hā )刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这(zhè )张(zhāng )卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精(jīng )灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与(yǔ )精(jīng )灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样(yàng )的帮助游戏等人。　　海马集团大赛篇（动画原创）　　多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参(cān )加了海马集团为(wéi )维护声誉的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别(bié )开生面的比赛就此展开。　　王之记忆篇　　为了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤(téng )游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记(jì )忆石板的背后，解开了无(wú )名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无(wú )名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的(de )过去，并且打败大邪(xié )神(shén )佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活(huó )。　　共有224集。