《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事(shì )以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加(jiā )插大量漫画没有的剧情和人物。此举为(wéi )脱离“原作”独立创(chuàng )作故事奠定下基础。　　决斗者王国篇　　一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯(sī )·J·克罗佛多在录像带中使(shǐ )用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封(fēng )印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游(yóu )戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯(sī )决斗，与互信的伙(huǒ )伴们以及心中的另一个自己并肩作(zuò )战。　　战斗城市前篇　　决斗者王国一战结束，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的(de )战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木(mù )中的无名法老(lǎo )王的记忆，海马濑人在(zài )一个机缘下(xià )得到了神之卡(kǎ )的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战(zhàn )斗城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武藤游戏为了寻找心(xīn )中的另一个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神(shén )秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也参(cān )杂其中。　　乃亚篇（动画原创）　　战斗飞行船行(háng )驶人工岛的途中(zhōng )，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了航线，阻挡在武藤游戏等人面(miàn )前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各(gè )人性命的决斗，而他们又发现五大老的头，叫乃亚(yà )的小孩，却是刚三郎（海马的养父）的(de )儿子！！一场大战即(jí )将展开。　　战斗城市后(hòu )篇　　战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由(yóu )，城之内为了成为真正的决斗者、救出被马利克进行黑暗游戏惩罚(fá )的孔雀舞，海马为了与宿(xiǔ )敌游戏决斗、为(wéi )了铲除可恶的古(gǔ )鲁斯首脑并得到太(tài )阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与(yǔ )城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗(àn )马利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。　　多玛篇（动画原创(chuàng )）　　战斗城市结束后，武藤游戏遭受到了不知名力量的阻(zǔ )挡，而三张神之卡也被(bèi )名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走(zǒu )神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡(kǎ )片——“奥利哈刚(gāng )的结界”拥有的黑暗能(néng )量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精灵的世界降临，向武(wǔ )藤游戏请求援(yuán )助(zhù )，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传说之龙又会怎么样的帮(bāng )助游戏等人。　　海马集团大赛篇(piān )（动画原创(chuàng )）　　多玛事(shì )件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛。全(quán )世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。　　王之记忆(yì )篇　　为了寻找寄宿(xiǔ )在千年积木中无名法老王灵魂的真实(shí )姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开(kāi )了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲(yù )动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在千年(nián )积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直(zhí )接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去(qù )，并且打败(bài )大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。　　共有224集。