《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。　　决斗者王国篇　　一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带(dài )中使用(yòng )黑暗决斗向武(wǔ )藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被(bèi )囚禁的(de )爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。　　战斗城市前篇　　决斗者(zhě )王国一战(zhàn )结束，武藤游戏的知名度(dù )瞬间上升，神秘的埃及石板来到日本展览(lǎn )，牵扯出千年神器的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中的无名法老王的(de )记忆，海马濑人(rén )在一个机缘下得(dé )到了(le )神之卡的其中一(yī )张：欧贝利斯(sī )克的巨神兵，而(ér )他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗(dòu )城市大赛，并且以赌牌当作规则，同时新的次世代决斗盘也跟着亮相，而武(wǔ )藤(téng )游(yóu )戏(xì )为了(le )寻找心中的另一个自己的记忆，也就是无(wú )名法老王的记忆，必须搜集三张神之卡，也参加了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派(pài )出的蕾(lěi )雅卡猎人也参(cān )杂其中。　　乃亚篇（动画原创）　　战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船系统却遭受到外来的入侵改写了系统，因而改变了(le )航线，阻挡在武藤游戏(xì )等人面(miàn )前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体，一场赌上各人性命的决斗，而他(tā )们又发现五大老的头，叫乃亚的小孩，却是刚三郎(láng )（海马的(de )养父）的儿子(zǐ )！！一场大战(zhàn )即将展(zhǎn )开。　　战斗城市后篇　　战斗城市最(zuì )终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的(de )理由，城之内为(wéi )了成为真正的决斗者、救出被(bèi )马利克进行黑暗游戏惩罚的孔雀舞，海马为了与宿敌游戏决斗、为了铲除可恶的古鲁(lǔ )斯(sī )首脑并得到太阳神、为了完成海马乐(lè )园的梦想，游戏为了实现与城(chéng )之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马利克施予黑暗游(yóu )戏(xì )惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。　　多玛篇（动画原创）　　战斗城市结束后，武藤(téng )游戏遭受到了不知(zhī )名力量的(de )阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢走，这个神秘的多玛组织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑暗能量，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑魔导女孩从精(jīng )灵(líng )的世(shì )界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与(yǔ )精灵世界的命运会如何，无名的(de )传说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。　　海马集(jí )团大赛篇（动画原创）　　多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没(méi )钱回不到日本，无奈(nài )之下请求海马公(gōng )司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉的比赛(sài )。全世界的决斗者(zhě )聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。　　王之记忆篇　　为(wéi )了寻找寄宿在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤(téng )游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时(shí )蠢蠢欲动，利用了千年智慧轮的黑暗力量，在(zài )千年积木内进行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且(qiě )打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪(xié )神佐克(kè )也会在现实世界中复活。　　共有224集。