《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上(shàng )，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。　　决斗者王国(guó )篇　　一卷神秘的录像带(dài )，千年神器中(zhōng )千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中(zhōng )使用黑暗决斗向武(wǔ )藤游戏挑(tiāo )战，但武藤游戏却因为时间终止而败北(běi )，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力(lì )量封印在(zài )灵魂(hún )封印卡中（漫(màn )画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙(huǒ )伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战(zhàn )。　　战斗城市前篇　　决斗(dòu )者王国一战结束(shù )，武藤游戏的知名度瞬间上升，神秘的埃及石板(bǎn )来到日本展览，牵扯出千年神器(qì )的秘密、三千年前的战斗、三张神之卡，还有隐藏在千年积木中(zhōng )的无名法老王的记忆，海马濑人在一个机缘下得到了神之卡的其中一张：欧贝利斯克的巨神兵，而他为了得到剩余的二张神之卡，在童实野市举办了战斗城市大赛，并且以赌(dǔ )牌当作规则，同时新的(de )次世代决斗盘也跟着亮相，而(ér )武藤游戏为了寻找心中的另一(yī )个自己的记忆，也就是无名法老王的记忆，必(bì )须搜集三张(zhāng )神之卡，也参加(jiā )了这场大赛，各路好手为了搜集六张拼图(tú )卡，得到最后的参赛权，纷纷展开决斗；神秘的古鲁斯集团派出的蕾雅卡猎人也(yě )参杂其中。　　乃亚篇（动画原创）　　战斗飞行船行驶人工岛的途中，飞行船(chuán )系统却遭受到外来的入侵改(gǎi )写了系统，因而改(gǎi )变了航线，阻挡在武(wǔ )藤游戏等人面前的这个巨大机动要塞究竟是什么？而又出现了神秘的人，自称是“五巨头”，他们还要武藤游戏等人的身体(tǐ )，一场赌上各人性命的决斗，而他们又发现五大老的头(tóu )，叫乃亚的小孩，却是(shì )刚三郎（海马的养父）的儿子！！一场大战即将展开。　　战斗城市后篇　　战斗城市最终决战开始，每个决斗者都各自有战斗的理由，城之内为了成为真正的决斗者、救出被(bèi )马利克(kè )进行黑暗游(yóu )戏惩罚的孔雀舞(wǔ )，海马为(wéi )了与宿(xiǔ )敌游(yóu )戏决斗、为了铲除可恶的古鲁(lǔ )斯首脑并得到太阳神、为了完成海马乐园的梦想，游戏为了实现与城之内的诺言、与海马宿命的对决、救出被暗马(mǎ )利克施予黑暗游戏惩罚的人们、更为了自己遗失的记忆，他向马利克宣战。　　多玛篇（动画原创）　　战斗城(chéng )市结束后，武藤游(yóu )戏遭受到了不知名力量的阻挡，而三张神之卡也被名为多玛三剑客的人抢(qiǎng )走，这个神秘的多玛组(zǔ )织抢走神之卡的目的究竟是什么，神秘的卡片——“奥利哈刚的结界”拥有的黑(hēi )暗能量(liàng )，又会带给使用这张卡片的人什么样的改变；黑(hēi )魔导女孩从精灵的世界降临，向武藤游戏请求援助，人类世界与精灵世界的命运会如何，无名的传(chuán )说之龙又会怎么样的帮助游戏等人。　　海马集团大赛篇(piān )（动画原创）　　多玛事件结束后，武藤游戏和同伴因没钱回不到日本，无奈之下请求海马公司，却阴差阳错的参加了海马集团为维护声誉(yù )的比赛。全世界的决斗者聚集在这，一场别开生面的比赛就此展开。　　王之记忆(yì )篇　　为了(le )寻找寄宿(xiǔ )在千年积木中无名法老王灵魂的真实姓名与记忆，武藤游戏与朋友们踏上了埃及之旅，在记忆石板的背后，解开了无名法老王的过去记忆，暗貘良也趁此时蠢蠢欲动，利用了千(qiān )年智慧轮的黑暗力量，在千年积木内进(jìn )行了一场黑暗RPG，这场黑暗RPG游戏中，直接以无名法老王的记忆当作背景，暗游戏必须从这场黑暗游戏中找回自己的真实姓名、得知自己的过去，并且打败大邪神佐克，再一次封印，否则大邪神佐克也会在现实世界中复活。　　共有224集。